Deze revolutie kon niet worden verklaard door veranderingen in de samenleving, een verschuiving van contemplatie naar actief onderzoek, of zelfs “de vervanging van het teleologische en organismische patroon van denken en verklaren door het mechanische en causale patroon” [[ibid., v. ]]. In veel opzichten was de Wetenschappelijke Revolutie voor Koyré de overwinning van Plato op Aristoteles. En toch, als Sarton het niet eens zou zijn geweest met Koyré over het belang van Plato voor de opkomst van de moderne wetenschap, zouden beiden het erover eens zijn geweest dat het onderwerp van de geschiedenis van de wetenschap wetenschap was en dat dit het verhaal van de vooruitgang was.
Als studenten aan Harvard maakten we ook kennis met de encyclopedische werken die dit ‘heroïsche tijdperk’ van de geschiedenis van de wetenschap karakteriseerden: Lynn Thorndike’s acht delen Geschiedenis van magie en experimentele wetenschap [[L. Thorndike, 1923-58. – Een geschiedenis van magie en experimentele wetenschap. I-VIII. New York. ]]. Het tiende deel van Pierre Duhem Het wereldsysteem, en de eerste twee (en wat de enige bleek te zijn) delen van Henry Sigerist's geplande, uit meerdere delen bestaande geschiedenis van de geneeskunde [[H. Sigeristisch, 1955-1961. – Een geschiedenis van de geneeskunde. I-II. New York. ]]. Het leek erop dat grote delen van het veld op dat moment voor ons zicht opengingen. De multi-auteur Geschiedenis van de technologie gepubliceerd in vijf delen door Oxford gaf ons inzicht in een onderwerp dat door de meeste wetenschapshistorici was genegeerd [[C. Zanger, EJ Holmyard & AR Hall, red., 1954-58, Een geschiedenis van technologie. IV. New York – Londen. ]]. En in 1961 zowel het eerste deel van Joseph Needham's Wetenschap en beschaving in China[[J. Needham, 1961. – Wetenschap en beschaving in China, I: inleidende oriëntaties. Cambridge. ]]en het eerste deel van James Riddick Partington's Een geschiedenis van de chemie (eigenlijk deel twee) werden gepubliceerd [[Het eerste gepubliceerde deel was het tweede over de zestiende en zeventiende eeuw. JR Partinglon, 1961. – Een geschiedenis van de chemie. II Londen. ]]. Deze werken vertegenwoordigden levens van studie door geleerden die geloofden dat ze hele vakgebieden over lange chronologische perioden konden bestrijken. De geschiedenis van de wetenschap was nog een jong vakgebied, dat nog niet het tijdperk van de gespecialiseerde monografie had bereikt.
Het was echter ook duidelijk dat er hiaten in ons onderwijs zaten. Voor degenen die geïnteresseerd waren in de islamitische wetenschap was er niet veel om naar te kijken. Ik had een bijzondere belangstelling voor de wetenschap van het Iberisch schiereiland, maar afgezien van verslagen over de grote ontdekkingsreizen leek er weinig te vinden. Een toegewijde groep jonge geleerden had zich al rond Otto Neugebauer verzameld en als groep herontdekten ze de wiskunde en de astronomie van het oude Nabije Oosten. Maar deze groep geloofde in specialisatie en deed weinig moeite om hun onderzoek te integreren in de hoofdstroom van de geschiedenis van de wetenschap, in de overtuiging dat specialisatie de enige basis is voor gedegen kennis. » O. Neugebauer, 1952 & 62. – De exacte wetenschappen in de oudheid. New York: v-vi.]].
Bovenal leek de negentiende eeuw een woestenij. In 1954 merkte I. Bernard Cohen op dat “wanneer we eenmaal de grens tussen de achttiende en de negentiende eeuw overschrijden, we geen algemene overzichten tegenkomen die zijn geschreven op een manier die de historicus van ideeën ten goede zal komen … Alleen de toekomst kan uitwijzen of de geschiedenis van de wetenschap in de negentiende eeuw kan op een betekenisvolle manier worden gepresenteerd voor de algemene historicus” [[IB Cohen, 1957. – Some Recent Books on the History of Science, in Wortels van het wetenschappelijk denken: een cultureel perspectief, red. Ph. P. Wiener & A. Noland. New York: 627-656. Oorspronkelijk gepubliceerd in de Tijdschrift voor de Geschiedenis van Ideeën. ]]. Drie jaar later verzamelde Marshall Clagett een internationale groep wetenschappers aan de Universiteit van Wisconsin om actuele problemen in de geschiedenis van de wetenschap te bespreken. De daaruit voortvloeiende conferentie raakte nauwelijks de negentiende eeuw aan. Clagett verontschuldigde zich voor deze omissie, maar hij legde uit dat “zo weinig historici serieus en professioneel historisch werk doen in de geschiedenis van de wetenschap van de afgelopen decennia, dat het presenteren van een kritische discussie over dergelijke problemen uiterst moeilijk zou zijn” [[M . Clagett, red., 1962. – Kritieke problemen in de geschiedenis van de wetenschap: Proceedings van het Instituut voor de Geschiedenis van de Wetenschappen aan de Universiteit van Wisconsin, 1-11 september 1957. Madison: vi. ]]. In feite heeft het historisch onderzoek in de negentiende-eeuwse wetenschap in de jaren sinds die bijeenkomst in Madison het onderzoek uit de periode van de Wetenschappelijke Revolutie ruimschoots overtroffen. Dit onderzoek is echter enigszins ongelijkmatig verlopen, omdat het biologische onderzoek zich heeft geconcentreerd op de geschiedenis van het evolutionaire denken, terwijl er heel weinig is gedaan om het onderzoek naar de geschiedenis van de natuurwetenschappen te synthetiseren.
Net zo belangrijk als de studie van negentiende-eeuwse wetenschap is het besef geweest dat de ontwikkeling van de wetenschap beïnvloed kan worden door factoren die wij helemaal niet als wetenschap zouden beschouwen. George Sarton had alchemie, astrologie en natuurlijke magie afgedaan als ‘pseudo-wetenschap’, maar zijn beslissing om dit te doen zou terecht in twijfel kunnen worden getrokken als wetenschapshistorici ooit een andere benadering van het vakgebied zouden kiezen. Walter Pagel was een van de eerste historici van wetenschap en geneeskunde die dit deed. Maar hoewel zijn eerste boek over Van Helmont in 1931 verscheen, is zijn wijdverbreide methodologische invloed recenter geweest, daterend uit de publicatie van zijn boek. Paracelsus (1958) en de zijne De biologische ideeën van William Harvey (1967) [[
W. Pazel, 1930. – Joe. Gedoopt. Van Helmont: Einführung in de filosofische Medizin des Barock. Berlijn; 1958. – Paracelsus: een inleiding tot de filosofische geneeskunde in het tijdperk van de Renaissance. Bazel-New York; 1967. – William Harvey's biologische ideeën: geselecteerde aspecten en historische achtergrond. Bazel-New York. ]]. Pagel erkende de misvatting van Sartons ‘geschiedenis van de geleidelijke openbaring van de waarheid’ en wierp tegen dat een dergelijke benadering ‘gebaseerd op de selectie van materiaal vanuit modern gezichtspunt de presentatie van de historische waarheid in gevaar zou kunnen brengen’ [[W. Pagel, herfst, 1945. – De rechtvaardiging van afval, in Middlesex Ziekenhuisjournaal: 1-4. ]]. Geschiedenissen waarin “ontdekkingen en theorieën uit het verleden uit hun oorspronkelijke context worden gehaald om te worden beoordeeld naast moderne wetenschappelijke en medische entiteiten” zijn waarschijnlijk gevaarlijk misleidend.Ibid. ]].